В ведение министерства природы России переданы особо охраняемые природные территории федерального значения. В министерстве природных ресурсов и экологии РФ, соответствующими распоряжениями правительства предусмотрена передача в ведение Минприроды России 96 государственных природных заповедников, 40 национальных парков и 11 государственных природных заказников федерального значения из ведения Росприроднадзора и 56 государственных природных заказников федерального значения из ведения Минсельхоза России.
      Согласно новому Положению о Минприроды России, ведомство осуществляет государственное управление в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий федерального значения.